2008年台湾地区领导人选举的国民党参选人马英九自去年8月以来所陷入的“特别费”案近日进入关键时期。2007年8月14日，马英九一审无罪，11月30日，台湾“高等法院”进行了二审的最后一次法庭辩论，马英九到庭答辩陈述。马英九在前台北市长任内是否公款私用，台北地方检察署起诉马英九的罪名是否成立，12月28日将进行二审宣判。结果如何，将对马英九2008年3月的参选、对蓝绿两营的选战对抗产生直接影响。
层层迭进的过程
所谓“特别费”，是台湾当局编列给各级行政负责人的特别津贴，也就是指台湾各“行政机关”、公立学校之“首长”或“副首长”，因公务需要且支出合乎规定，经核定许可的公务及“正副首长”公关费用。特别费的金额数量由各地“议会”自行决定，一半是用收据报销，多用于一些行政的小金额支付；另外一半凭官员签名就可以直接领用，多以公益捐款方式捐出。长期以来，岛内对“特别费”应如何定性和如何动支缺乏明确规范。据统计，全台湾支领该项特别费的“首长”及“副首长”，多达6500人。
马英九“特别费”案在2006年8月至今的整个过程中，沸沸扬扬，一波数折，高潮迭起。
第一波：遭告发
2006年8月，民进党籍民意代表谢欣霓等人到台湾“高等检察署”查缉黑金行动中心告发马英九“违规”使用其台北市长任内“特别费”。台北地方检察署随后展开相关调查，要求台北市政府提供马英九任期的账户及“特别费”支领凭证。台北地检署宣称，这次调查的重点是马英九每月34万元新台币的“特别费”中，必须以单据核销的支出是否有核销单据以及名实是否相符，并宣布2007年春节前结束调查，届时将决定是否向台北地方法院起诉马英九。
2006年11月14日，因“市长特别费”问题被检举的台北市市长马英九以“关系人”身份赴台北地检署接受检察员约谈。约谈后，马英九向媒体表示，他的特别费的用途，和其他公务人员一样，完全依照法律领取，他“对自己的清白有信心，对法庭的公正也有期待”，并表示如果被起诉将辞去国民党主席职务。
马英九卷入“特别费”案后，蓝绿阵营掀起一场互相检举“特别费”问题的风潮，民进党吕秀莲、游锡、苏贞昌、谢长廷等人也先后被检方调查，由此也引发了岛内关于特别费是否存在制度缺陷的激烈讨论。
11月23日，国民党廉能委员会成立六人调查小组对马英九“特别费”案进行彻查，六人小组调查后认为马英九上任八年来的捐款总额接近8000万新台币，已经远远超过1600万元的特别费额度，马英九没有贪污特别费的行为。
第二波：被起诉
2007年2月13日下午，台湾“高检署”举行记者会，宣布结束马英九在台北市长任内“特别费”案的侦查，认定马英九将不需单据核销的“特别费”1117余万元新台币存入其私人薪资账户，未用于公务，而且还将之申请为个人财产，涉嫌贪污，遂依据贪污治罪条例以“利用职务机会诈取财物”罪将马英九起诉。
当天傍晚，马英九召开记者会，宣布辞去中国国民党主席职务，并正式表示参选2008年台湾地区领导人。国民党于当晚紧急召开临时中�；�，决定退回马英九的辞呈，请其再考虑。其后决定由吴伯雄副主席代理党主席职务。
5月2日，国民党中�；嵴教崦暗持飨碛⒕挪窝�2008年台湾地区领导人。
第三波：一审无罪
5月8日，台北地方法院对马英九“特别费”案一审的第三次开庭，马英九被提名为国民党2008年参选人后，首次出庭应讯，这次庭审出现对马英九有利的转机，合议庭决定采信法务部门负责人施茂林关于首长特别费为“实质补贴”的解释。
8月14日，一审宣判，台北地方法院宣判马英九无罪。马英九“特别费”案一审获判无罪后，“立法院长”王金平表示，案情发展下去应该对马英九有利，建议马专心竞选下去。
第四波：二审待决
9月3日，台湾“高等法院”以计算机抽签完成二审分案，组成合议庭开始马英九“特别费”案的二审。
10月12日，“高院”合议庭首次传唤马英九，进行准备程序庭，检、辩双方基本上都是援引一审时陈述的意见，庭讯进行顺利。
11月30日，台湾“高等法院”进行二审的最后一次辩论庭，马英九出庭应讯。公诉检察官进行总结陈词，认为“特别费”是具有实质补贴性质的公款，但仍应因公支用，马英九涉嫌诈取1117万新台币“特别费”，要求“高院”改判马有罪。
马英九的辩护律师宋耀明指出，依据“法务部”与“主计处”意见，“特别费”为实质补贴并非公款，且马英九主观上没有施用诈术或贪污的犯意，客观上也没有贪污的事实，侦查检察官“先射箭再画靶”推定马英九犯罪。马英九在最后陈述时表示，全案一审已从“特别费”的制度设计、历史沿革、行政惯例，以及使用者和承办人主观的认知等层面判他无罪，无论是认定事实或适用法律都“无懈可击”，他请求法院维持原判，驳回检方上诉。
合议庭最后决定将在2007年12月28日上午10时进行二审宣判。
从司法层面来看，“特别费”案的关键点是如何判定“特别费”的性质，即它是公款、私款还是实质性补贴。在一审中，公诉检察方坚持认为是公款，虽然它带有实质补贴的性质。马英九一方认为就是实质性补贴，并非公款。马英九贪污公款罪最后是否成立将取决于台湾“高等法院”对“特别费”性质的二审认定。
实质上，这宗司法纠纷涉及的是台湾财务审计的制度设计问题，因为将首长“特别费”汇入个人薪金账户本来就是台湾当局推动的政策，向来被认为最安全、最便利。当局审计部门调查发现，自2002年1月以来，全台各县市长“特别费”中不需凭据核销部分，仍以直接汇入县市长薪资账户为最普遍的处理方式。由于马英九案的发生，暴露出“特别费”存在的制度缺失，台湾行政部门已于2006年11月宣布，将从2007年起对“特别费”的核销制度进行改革。
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